Rafael,
No quiero ser pesimista, pero creo que esa restricción va a estar siempre presente. IBM desarrolló el Notes plug-in para la ejecución de las aplicaciones Lotus Notes en web. Hay funcionalidades del correo que no están en la plantilla, sino que son parte del propio cliente Lotus Notes y que probablemente no formen parte del plugin.
Aunque el comportamiento del correo tal y como lo estáis utilizando ahora es satisfactorio, habrá aspectos, que quizá no uséis, y que no sea sencillo moverlos a la lógica del plugin.
En cualquier caso, esto es mi opinión personal. Quizá IBM pueda aportar luz al respecto :-)
Un saludo,