Hola Jordi,
Yo me iría por la directa. Reinicia el servidor completamente para asegurarte que no queda ningún servicio de Domino
en la memoria RAM ni siquiera el NSD. Al iniciar Domino, debería sincronizarse correctamente con el S.O.
Consejo. Pásale el "tuneador" de Domino a ver que te dice el Sr. DCT.
http://www.slug.es/blogslug.nsf/dx/domino-configuration-tuner-nuevas-firmas.htm
Salut !